滇重樓病害較多，常見的主要有根腐病、莖基腐病、黑斑病、葉枯病、灰霉病、霜霉病、炭疽病、病毒病、角斑病等。

1、根腐病：根腐病屬真菌侵染所致。一般在3月下旬至4月上旬發病，5月進入發病盛期。根部受到地下害蟲危害后，傷口多，有利病菌的侵入。主要為害地下根莖，造成地下根莖腐爛。發病癥狀為根莖從染病部位開始腐爛，早期植株不表現癥狀，后期隨著根部腐爛程度的加劇，地上部分因養分供不應求，最后整個根莖腐爛，地上植株萎蔫，逐漸枯死。

2、葉枯病：主要是由真菌引起的植物病害。多從葉緣、葉尖侵染發生，病斑由小到大不規則狀，紅褐色至灰褐色，病斑連片成大枯斑，干枯面積達葉片的1/3 ~ 1/2，病斑邊緣有一較病斑深的帶，病健界限明顯。后期在病斑上產生一些黑色小粒點，病葉初期先變黃，黃色部分逐漸變褐色壞死。

3、黑斑病：黑斑病由假單胞屬、細菌及多腔菌屬等真菌所致。黑斑病一般發生在潮濕雨季，表現為葉片出現圓形或不規則形黑色葉斑，有時發生在葉、葉柄、莖、花梗和幼果，但主要危害葉片。

4、莖基腐病：莖腐病是由真菌單獨或復合侵染引起的病害。主要危害莖基部或地下根莖，病部開始為暗褐色，后繞莖基部展開一周，使皮層腐爛，地上部葉片變黃、萎焉，后期整株枯死，病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核。病菌在土壤中越冬，腐生性強，可以在土中生存2-3年。大水漫灌且遇到地溫過高時易發病。

5、灰霉病：主要侵染葉片、莖稈和花蕾，發病初期水漬狀斑塊，病部逐漸擴大，后期病部產生灰色霉層，常引起滇重樓花器腐爛而導致種子絕收。

6、霜霉病：霜霉病是由真菌中的霜霉菌引起的植物病害。此病從幼苗到收獲各階段均可發生，以成株受害較重。主要危害葉片，由基部向上部葉發展，嚴重時全部外葉枯黃死亡。

7、炭疽病：病原炭疽菌，植物病原真菌。主要危害葉片，葉片初期出現淡褐色小點，斑點逐漸擴大呈近圓形病斑，病斑周圍黃色暈圈不明顯，邊緣褐色，病斑中央灰白色，嚴重時整葉枯黃，最后枯死。

8、病毒病：是由植物病原病毒引起的病害。癥狀：感病植株葉片變現為不均勻褪綠、花葉，植株生長緩慢，嚴重時整株枯死。發病特點：該屬病毒主要由薊馬傳播，因此及時防治薊馬危害是關鍵。

9、角斑病：該病會造成感染葉片呈黃褐至黑褐色壞死干枯，成株感染后，葉片會出現淺黃色斑，后期破裂穿孔，會出現油漬狀黃綠色小斑點，后期病部凹陷龜裂，并出現白色菌膿。